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次々と登場するキャラクターと対戦しながらストリーを進めていくモードです。 「るんるんコース」、「わくわくコース」はアミティが主人公、「はらはらコース」はラフィーナが主人公でストーリーを進めていきます。 この他にも自由に対戦相手を選んで遊ぶ「フリー対戦」モードもあります。

好きなキャラクターを使って２人で対戦をするモードです。 「ふつうのルール」、「クラシックルール」、「トラップルール」の３種類の対戦ルールの他に、ルールを自由に設定できるモードもあります。

ひとりでひたすらぷよを消し続けるモードです。 「フィーバー」、「タスク」、「オリジナル」の3種類のゲームが用意されています。

遠く離れた人とも『ぷよぷよフィーバー』をネットワーク対戦で遊ぶことができます。 ネットワークで気軽に対戦。